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Un typage complémentaire HLA*A d’un donneur volontaire de moelle osseuse est réalisé en première intention en PCR-SBT bi-allélique avec les kits ALLELE SEQR CELERA. Le logiciel ASSIGN (CONEXIO et base d’allèles IMGT 3.23.0.1 2016-01-19) propose des résultats interprétables (6 digits) mais avec une ambigüité Cis-Trans : A*02 :01 :01 :06 et A*11 :172 ou bien A*02 :01 :02 et A*11 :01 :34.La technique SSP (Kit Olerup HLA-A*11) exclue la possibilité du typage A*11 :172. La combinaison des résultats de SBT et de PCR SSP devrait donc mener au résultat: HLA A*02 :01 :02, 11 :01 :34. Ce résultat étant peu vraisemblable, nous suspectons la combinaison d’un allèle A*02 new avec un allèle A*11 :01 :01 :01 qui est fréquent et qui ne diffère des autres allèles A*11 :172 et 11 :01 :34 que sur les mêmes positions.
Ceci est vérifié en NGS (kit HOLOTYPE OMIXON), qui retrouve un nouvel allèle A*02:  substitution C->T en 228.2 (par rapport au A*02 :01 :01) entrainant un changement d’acide aminé (isoleucine au lieu de thréonine). Le NGS, après amplification d’une grande partie du gène, fragmentation et séquençage, permet de phaser les positions polymorphes et de relier des polymorphismes éloignés présents sur le même allèle par exemple sur différents exons, ce qui n’était pas possible en SBT.
Cet exemple illustre les limites du SBT qui présente des ambiguité cis-trans du fait du séquençage séparé des exons ce qui peut aboutir comme dans le cas présent à un résultat faux par absence de détection d’un nouvel allèle si deux allèles déjà décrits permettent d’obtenir un résultat interprétable. Cette limite n’existe pratiquement plus avec le NGS grâce au phasage des exons.

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